想发高分文章?lncRNA岂能错过! (转自美吉生物微信公众号)

  • 2017-11-10 16:49:01
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概要:近年来,lncRNA在各个领域掀起研究热潮,关注度与日俱增。在医学领域lncRNA的研究热度更是不言而喻!大家是不是也觊觎它已久,但苦于没有思路?不着急,今天小编就给大家奉上一场“饕餮盛宴”,敬请笑纳!

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Human Pancreatic β Cell lncRNAs Control Cell-Specific Regulatory Networks人源胰腺β细胞表达的lncRNAs控制细胞特异性的调节网络

期刊:《Cell Metabolism》   

IF:18.164


  近期的研究发现人β胰腺细胞中存在上万个lncRNAs,而β细胞是影响体内葡萄糖水平最重要的细胞,lncRNA在β细胞、糖尿病中的作用不言而喻。文章通过在人β细胞中RNAi、CRISPRI以及建立共表达网络发现,PLUTO(PDX1 locus upstream transcript,位于PDX1上游3kb附近的lncRNA)通过cis作用调节PDX1的3D染色质结构和其转录水平。同时实验团队也在二型糖尿病人和葡萄糖耐受能力受损捐赠者的胰岛中检测出PLUTO、PDX1表达量均下降。



图1 a。敲低TFs和lncRNAs后,TFs和lncRNAs表达量的热图;b。敲低TFs和lncRNAs后,差异基因的热图展示;c。基因共表达网络模块的划分;d。lncRNAs-TFs共表达网络可视化


参考文献
Akerman I, Tu Z, Beucher A,et al. Human Pancreatic β Cell lncRNAs Control Cell-Specific Regulatory Networks[J]. Cell Metabolism, 2016, 25(2).


Divergent lncRNAs Regulate Gene Expression and Lineage Differentiation in Pluripotent Cells
多能干细胞中lncRNA调节基因表达和谱系分化

期刊:《Cell Stem Cell》 

IF:23.394


  在哺乳动物中约有20%的lncRNA的基因与邻近编码蛋白基因的转录方向相反。研究人员发现在多功能干细胞中,lncRNA EVX1as能够促进其临近基因EVX1的转录,进而促进内胚层的分化。同时他们在单细胞水平证实EVX1as为EVX1的上游正调节因子。这种调节机制是Evx1as RNA结合到染色质的调节位点使得染色质处于活跃状态,顺式作用促进EVX1的转录。


图2 a.lncRNA的靶mRNA GO功能富集;图b.多能干细胞分化过程中差异mRNA/lnRNA对的热图

参考文献

Luo S, Lu J Y, Liu L, et al. Divergent lncRNAs Regulate Gene Expression and Lineage Differentiation in Pluripotent Cells.[J]. Cell Stem Cell, 2016, 18(5):637.


lncRNA Functional Networks in Oligodendrocytes Reveal Stage-Specific Myelination Control by anlncOL1/Suz12 Complex in the CNS少突胶质细胞的lncRNA功能网络揭示了中枢神经系统中特异时期的髓鞘形成受lncOL1/Suz12 复合体的调节

期刊:《Neuron》  

IF:11.13


  研究人员通过对不同分化时期的少突胶质细胞进行de novo转录组测序,揭示不同时期特异表达的lncRNAs,并且利用特异表达的lncRNAs与mRNA进行共表达网络分析,预测lncRNAs在髓鞘形成时期的作用。进一步研究发现,lncOL1与Suz12相互作用抑制了细胞分化抑制网络相关基因的表达、促进少突胶质细胞的成熟。文章重点阐明了一个lncRNA通过与染色质修饰复合体相互作用调节中枢神经系统髓鞘的形成和髓鞘的修复。


图3 a.转录组测序流程;b.lncRNA-mRNA共表达网络可视化;c.GO富集分析

参考文献
He D, Wang J, Lu Y, et al. lncRNA Functional Networks in Oligodendrocytes Reveal Stage-Specific Myelination Control by an lncOL1/Suz12 Complex in the CNS[J]. Neuron, 2017, 93(2):362-378.


Genome-wide changes in lncRNA, splicing, and regional gene expression patterns in autism
自闭症患者lncRNA、剪切、区域基因表达模式的全基因组变化研究

期刊:《Nature》   

IF:40.137


  研究人员通过对48个自闭症患者和49个对照组(正常人死后捐赠)的额叶、颞叶皮层、小脑组织样本进行转录组研究,探究与自闭症相关的lncRNA、可变剪切因子、转录调控因子。  进一步分析发现转录因子sox5、lncRNA LINC006和LINC00689、剪接调控因子Rbfox1,SRRM4和PTBP1对神经元发展十分重要,并且染色体15q11.2-13.1区域特定基因重复的现象(即Dup15q综合征)可以作为原发性自闭症的转录识别标志。最后通过共表达网络分析揭示自闭症患者在发病的前二十年,微神经胶质和突触功能的变化轨迹与年龄相关。


  

图4 a.自闭症患者和对照组大脑皮层差异表达的基因;b、各自闭症相关模块的特征向量基因间的相关性;c.基因共表达网络及核心基因

参考文献
Parikshak N N, Swarup V, Belgard T G, et al. Genome-wide changes in lncRNA, splicing, and regional gene expression patterns in autism[J]. Nature, 2016, 540(7633):423.


Non-coding RNAs participate in the regulatory network of CLDN4 via ceRNA mediated miRNA Evasion
非编码RNAs通过miRNA介导的ceRNA调控网络参与CLDN4调控

期刊:《Nature Communications》   

IF:12.123


  许多基因被报道在癌症的发展进程中发挥重要作用,作者通过构建共表达网络对胃癌中紧密连接蛋白Claudin-4(CLDN4)进行深入的研究。Claudin-4在胃癌组织中高表达,并与不良预后有紧密关系。研究发现,miR-596和miR-3620-3p可通过结合CLDN4从而逆转胃癌细胞的增殖、迁移等过程。与此同时,LncRNA-KRTAP5-AS1、lncRNA-TUBB2A作为竞争性内源RNA可间接影响Claudin-4的功能发挥。结果表明,ncRNA在CLDN4的调控网络中扮演重要角色。由此,本文为ncRNA作为胃癌的生物学标记物及对抗胃癌的治疗靶点提供了新的理论依据。




图5 a.胃癌组织和非癌组织差异表达的lncRNA、miRNA; b.胃癌组织中mRNA-miRNA-lncRNA共表达网络

参考文献
Song Y X, Sun J X, Zhao J H, et al。 Non-coding RNAs participate in the regulatory network of CLDN4 via ceRNA mediated miRNA evasion。[J]。 Nature Communications, 2017, 8(1)。

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