如何从云平台中导出数据用于cytoscape网络图的绘制 --微生物多样性篇

  • 2019-11-25 14:07:55
  • 984
  • 0

大家都知道,cytosape是一个功能非常强大的网络图绘制软件,有的时候大家不满足于云平台输出网络图的样式,想对网络图的美观程度进行进一步的提升就可以使用cytoscape软件进行重新绘图。

所以本文主要为大家介绍,在微生物多样性研究中,cytosape能帮助我们绘制哪些网络图,以及绘制网络图所用的数据是如何从云平台中导出的。

在微生物多样性研究中常见的网络图主要分为两种:

第一种是共线性网络图,共线性网络图顾名思义就是共同出现的意思,图中的点代表物种点和样本点,如果某一个物种存在与某一样本中则将两个点之间用线连接起来,通过这个图我们可以直观得看出来不同样本中独有和共有得物种有哪些,和韦恩图是很相似的。并且从这个图中可以看到不同物种节点的大小是不同的,这个是什么意思呢?在共线性网络图中物种的丰度大小是可以通过图中节点的大小来进行展示的,也就是说在共线性网络图中节点是具有属性的,他的属性就是该物种的丰度大小,而线呢是没有属性的,只要存在就连接上。


第二种是相关性网络图,相关性网络图在微生物多样性研究中主要用于展示物种与物种/环境之间的相关性,如图所示,中的节点代表着物种,如果两个点之间存在连线,则说明这两个点之间是具有相关性的,那么具有相关性是正相关还是负相关呢?一般我们是通过不同连线的颜色来判断,那相关性性系数的大小又如何表示?可以通过观察节点间连线的粗细。





所以,在相关性网络图当中,线是具有属性,不仅能代表相关性正负还能表示大小。节点是没有属性的,但是这个也不绝对,如果大家想将物种的丰度通过物种点的大小来进行展示的话也是可以的,此时图中的节点就具有属性了。


介绍了两种网络图之后,我们来看一下上传的数据表具体是什么样子的?

我们知道使用cytoscape上传数据是需要上传两个表格的,一个是网络表一个属性表,网络表是意思就相当告诉cytoscape哪些点和哪些点是连在一起的,属性表用来给网络中的点和线赋予意义。


我们先来看两种网络的网络表和属性表的示例文件。

共线性网络图网络表(表一)

(展示的是样本与物种之间的对应关系)




共线性网络图属性表(表二)

(展示的是物种在不同分组中的丰度和总丰度)





相关性网络图网络表(表三)

(展示的是物种与物种之间的对应关系以及两物种间的相关性信息)





相关性网络图属性表(同表二)

(展示的是物种在不同分组中的丰度和总丰度)





通过给出的示例文件我们可以看出,共线性网络图的网络表和相关性网络图的属性表所涵盖的内容是相同的,那么如何从云平台中将这三个表导出?


首先我们需要在云平台中先运行三个分析。

1、首先进入美吉生物云-微生物多样性云分析,并进入交互分析页面。





2、在界面的右侧点击关联与模型预测分析模块中的network网络分析,在共线性网络分析中选择分析所用的OTU表格、分类学水平和分组方案,点击运行(结果文件为表一)。




3、在界面的右侧点击物种组成分析模块中的群落组成分析,在群落bar图和pie图中选择分析所用的OTU表格、分类学水平和分组方案,点击运行(结果文件为表二)。





3、在界面的右侧点击关联与模型预测分析模块中的network网络分析,在相关性网络分析(单因素是对物种与物种间的相关性进行分析,双因素是对物种与环境因子进行相关性分析,按需选择)中选择分析所用的OTU表格、分类学水平和分组方案,点击运行(结果文件为表三)。

 

三个分析流程运行完成后,需要导出三个分析后所产生的结果文件,步骤为:

1、打开交互分析结果目录:

  方法一:在交互分析页面右上角点击“结果目录”按钮,跳转至结果目录页面。




方法二:在项目页点击“文件”按钮,跳转至结果目录页面。





2、点击交互分析结果目录(interaction_results





3、找到需要得结果文件:

  表一:(为共线性网络图运行结果文件)



  表二:(为bar图和pie图运行结果文件)



  表三:(为相关性网络图运行后结果文件)



 

最后,将下载得到得三个表格进行简单的处理,就可以进行网络图得绘制了。

 


注意:

1、进行cytoscape绘图时所上传的网络表和属性表必须为在相同运行条件下输出的结果文件。

例:若共线性网络在以下条件下运行




那么在运行相对应的群落组成分析时,参数的选择需和上图一致相同的OTU表格、分类学水平与分组方案。





2、文中所展示的示例文件格式对于从云平台中下载的数据表操作起来较便利,而非cytoscape固定的上传文件模板,顺序和格式均可按照个人习惯进行调整,只要cytoscape能够准确识别表格中内容即可。




本文主要为大家讲解了在使用Cytoscape进行绘图时,导入数据的格式是怎样的以及数据是如何从云平台中导出的。

但是在上传好数据表格之后,怎样用Cytoscape进行网络图的参数设置和美化排布呢?为了方便大家学习,我们还对Cytoscape的具体操作步骤进行了总结。

点击下方文字标题既可直达Cytoscape教程:

Cytoscape网络图绘制详解(一)

Cytoscape网络图绘制详解(二)

赶快点击链接学习起来吧~~(*^^*)


如果对本篇的操作讲解还存在疑问,可在本文章下方留言区和我们互动交流~~






评论

全部评论()
查看更多评论
湖南快乐十分 湖南快乐十分 湖南快乐十分 湖南快乐十分 湖南快乐十分 湖南快乐十分 湖南快乐十分 湖南快乐十分 湖南快乐十分 湖南快乐十分